A Universidade do Vale do Itajaí (UNIVALI), sediada em Itajaí, é uma Instituição Comunitária de Ensino Superior (ICES). Ela é mantida pela Fundação Universidade do Vale do Itajaí, uma entidade de direito privado, com fins filantrópicos e não lucrativos.

Embora não atue diretamente na área do PMP-PELOTAS NE, a UNIVALI possui vasta experiência: faz parte da REMASUL (Rede de Encalhe e Informação de Mamíferos Aquáticos do Sul) desde 2007 e coordena o PMP-BS nos estados de Santa Catarina e Paraná desde o início deste projeto, em 2015.

No âmbito do Programa Pelotas NE, a UNIVALI será responsável pela coordenação do PMP no litoral de Santa Catarina, incluindo a consolidação dos dados, a elaboração dos relatórios e a capacitação técnica das equipes.